El Libro Rojo de la Flora Nativa de la Tercera Región de Atacama reconoce la riqueza del patrimonio natural del Territorio Huascoaltino y se destacan los grandes aportes que ha hecho la Comunidad para proteger la flora de la región. Nuestra comunidad es el segundo ejemplo en Chile de comunidades indígenas que deciden proteger legalmente sus territorios ancestrales.
El estudio fue realizado por profesionales de la Universidad de La Serena, el Instituto de Ecología y Biodiversidad (IEB) y el Centro de Estudios Avanzados en Zonas Áridas (CEAZA). Dentro de este equipo se encuentran algunos de los mejores especialistas en plantas de Chile. Además, en la edición y publicación del libro participaron CONAMA, CONAF, SAG y el Gobierno Regional.

Estos científicos realizaron un listado de todas las especies vegetales presentes en nuestra región y el lugar donde se encuentran, para luego determinar cuáles de éstas tienen problemas de conservación. Además, definieron cuáles son los Sitios Prioritarios para la Conservación de la Flora de Atacama; esto es, aquellas zonas donde se concentra una gran cantidad de especies nativas y que se deben someter prontamente a protección oficial para conservar dicha flora.

Uno de estas zonas especialmente sensibles y únicas corresponde al Sitio Laguna Grande y Laguna Chica. Este Sitio Prioritario abarca en total una superficie de 446,2 km², de los cuales 156 km² se encuentran dentro del Territorio Huascoaltino. Dentro de la flora que se encuentra en este sitio prioritario hay registradas 142 especies de plantas nativas, de las cuales 2 especies se encuentran en categoría En Peligro y 6 en categoría Vulnerable.

Por otra parte, se reconoce la importancia del territorio completo de la Estancia. En la actualidad, el único aporte privado para la conservación de la región ha sido el de nuestra Comunidad Agrícola Los Huacoaltinos. Con cerca de 260.000 hectáreas de extensión, es el área Silvestre protegida más grande de la Región y corresponde a más de la mitad de la superficie total de áreas protegidas (61%) de Atacama.

De las 980 especies nativas presentes en la región, dentro de la Estancia podemos encontrar 285 especies nativas, el número más alto registrado dentro una misma área protegida de la región. De estas 285 especies, 85 solo están presentes en Chile y existen otras 13 que sólo están presentes en la Región de Atacama. Además, hay 4 especies en Peligro de Extinción y 16 especies vulnerables.

El territorio Huascoaltino no solo es importante para la conservación de las especies vegetales, sino también para las especies animales. Por ejemplo, poblaciones de guanacos, especie actualmente en peligro de extinción, y llamas, habitan el territorio y se trasladan a través de éste en búsqueda de un hogar adecuado y para contactarse con otras poblaciones de su misma especie.